Chefen för den brittiska militäravdelningen tog till en sådan åtgärd för att försäkra sig om att "incidenten ombord på atomubåten Vigilant är en isolerad incident".
Fallon gav order om testning under ett möte med befälhavaren flotta Amiral Philip Jones.
På lördagen rapporterade brittiska medier att nio besättningsmedlemmar på den brittiska marinens ubåt HMS Vigilant hade fått sparken för att ha använt klass A-droger.
Och detta är inte den första skandalen om ubåten Vigilant: i oktober stängdes ubåtsbefälhavaren och hans ställföreträdare av från tjänst på grund av dis med kvinnliga underordnade officerare.
Ubåten Vigilant ("Vigilant") tillhör klassen Vanguard, den är utrustad med åtta ballistiska missiler och 40 stridsspetsar. Fyra ubåtar av denna typ rymmer hela Storbritanniens kärnvapenarsenal.